в командной строке вы можете указать SVN удалить файл (даже если он больше не существует в вашем локальном хранилище) с помощью
svn del yourfile
(del, rm, remove являются псевдонимами)
, а затем зафиксируйте его с помощью
svn ci
Самый простой способ - переименовать файл с помощью (для этого, я думаю, старый файл должен присутствовать, хотя, возможно, вы можете принудительно его вызвать)
svn mv youroldfile yournewfile
(mv, ren, rename - псевдонимы)