На самом деле зависит от того, сколько памяти у вас на сервере.
Когда вы делаете ALTER TABLE, вы действительно хотите, чтобы таблица и ее самый большой вторичный индекс (помните, что кластеры innodb первичный ключ, поэтому PKхранится со строками), чтобы вписаться в память.Если этого не произойдет, это будет медленно (примечание: в этом обсуждении предполагается, что таблица не разбита на разделы).
Поскольку в вашей таблице есть крошечные 50M строк, скорее всего, она подходитв ОЗУ тривиально (у вас на сервере 32G +, верно?) со всеми его вторичными индексами.
Если все это вписывается в пул буферов innodb, делайте их параллельно.Если он не выполняет их последовательно.
Попробуйте на своем сервере разработки, который имеет те же характеристики, что и производственный (очевидно, настройте их с тем же размером innodb_buffer_pool)