Сначала вы должны запустить:
show status like '%\_locks\_%';
Это покажет вам соотношение запросов, которые ожидают, к тем, которые могут немедленно получить блокировки. Вероятно, у вас более высокий набор записей для чтения, что приводит к тому, что mysql приходится ждать чаще, чем оптимально, но общую производительность нельзя проанализировать с помощью одной статистики.
Моим первым предложением было бы изменить ваши таблицы так, чтобы вы использовали движок Innodb для таблиц, которые несут основную нагрузку от транзакции. Innodb имеет блокировку строк, а не блокировку таблиц, а также кластеризованные индексы и кэширование данных запросов, которые, как правило, повышают производительность во многих случаях.