Такое поведение является следствием того, как пользовательские функции надстройки реализованы в Excel.
Существует три подхода к решению проблемы:
Используйте установщик, который задает определенный путь
Добавьте некоторый код в XLAM, который проверяет ссылки для каждой открытой книги, и, если ссылка на ваш XLAM, но по другому пути, он находит и заменяет, чтобы путь исправлен.
Преобразование ваших пользовательских функций XLAM в XLL (если VBA преобразовать в VB.Net и использовать Excel DNA или Addin Express для создания VB.Net XLL)