SFTP и FTPS - это совершенно разные протоколы.
SFTP связан с SSH. Реализации Java включают в себя:
- Maverick - коммерческая реализация
- Apache Mina SSHD - часть проекта Apache Mina с открытым исходным кодом
FTPS - это FTP через SSL. Существует множество реализаций, включая Apache FTPServer.