Я предполагаю, что эти игрушечные php-файлы - уменьшенный случай чего-то большего.
Если вам действительно нужно создать и удалить файл, не используйте php - вы можете просто использовать команду оболочки напрямую.
Если вы не хотите отключать запрос пароля, для этого в файле /etc/sudoers
есть синтаксис - см. «NOPASSWD» здесь .
PHP должен не запускаться от имени пользователя root, особенно с такими переменными в командной строке. Если у вас есть проблемы с разрешениями - решайте их! PHP должен запускаться как пользователь с наименьшими привилегиями.
Если вам нужна учетная запись для обслуживания ssh и вы не хотите, чтобы у пользователя php были дополнительные возможности, сделайте его другим пользователем, который разделяет группу с пользователем php - и вы можете использовать разрешения группы. (Возможно, вам придется поиграться с разрешениями по умолчанию при создании файла.)