Библиотека говорит
Изменение свойств экземпляра AppDomainSetup не влияет ни на один из существующих доменов приложений. Это может повлиять только на создание нового AppDomain, когда метод CreateDomain вызывается с экземпляром AppDomainSetup в качестве параметра.
Когда мне это понадобилось, я запустил свое приложение с пустым доменом приложений, который настраивал сцену для остальных.
Вам нужно больше информации об этом?