Ответ зависит от используемой версии .NET Framework. Несколько версий могут быть установлены бок о бок (что, вероятно, имеет место для вас), и программы, написанные для более старой версии, используют эту версию, если она установлена.
До 4.0
Все версии до 4.0 используют %WINDIR%\assembly (в вашем случае C:\Windows\assembly) для GAC. В этом каталоге используется специальное представление Explorer (Просмотр кэша сборок) для просмотра и управления GAC.
С 4.0
Версии с 4.0 используют %WINDIR%\Microsoft.NET\assembly (в вашем случае C:\Windows\Microsoft.NET\assembly) для GAC. Начиная с 4.0, Просмотр кэша сборок устарел. Проводник отображает каталог GAC точно так же, как обычный каталог.