Да, вы можете запустить оба на одной машине, так как Titanium Studio включает в себя все функции и плагины, а Aptana Studio 3. Titanium Studio при запуске предложит указать другое местоположение рабочего пространства по умолчанию (user.home / Documents / Titanium StudioРабочая область), но вы можете изменить его, чтобы использовать ту же рабочую область, что и Aptana Studio 3 (по умолчанию user.home / Documents / Aptana Studio 3 Рабочая область).