Вы должны получить объект дочернего сайта, например:
var subWeb = currentSite.Webs["MySubSite"];
А затем используйте свой код:
subWeb.EnsureUser(groupOwner);
subWeb.SiteGroups.Add(siteTitle1, currentSite.SiteUsers[groupOwner],
subWeb.SiteUsers[groupOwner], siteDescription1);