Flash Builder, если он используется для создания настольного приложения, потребует установки Adobe AIR, что является небольшим временем выполнения. Если вы предпочитаете, он также может быть доступен как веб-сайт, для чего потребуется установить флэш-плеер.
Flex, язык, используемый Flash Builder, должен каким-либо образом подключаться к Java. Вы можете использовать объекты SOAP, BlazeDS, JSON, HTTP или даже комбинацию PHP / JavaBridge (Zend Server Community Server и PHP 5.3 имеют такую возможность).
Дело в том, что где-то должен быть доступный сервер с файлами JAR. Как вы доберетесь до него, полностью зависит от вас.
Для получения дополнительной информации о FlashBuilder и Flex я рекомендую http://adobe.com/devnet/flex