Определенно можно получить тот же вывод, что и для идентификатора, равного 1000, выполнив сценарий "DBCC CHECKIDENT ('TableName', RESEED, NewSeedValue)" из сценария переноса метода Up.
Однако в определении таблицы в SQL Server по-прежнему отображается «IDENTITY (1,1)», даже если первая запись, введенная в таблицу, получает идентификатор 1000. Это означает, что начальное значение идентификатора таблицы на самом деле не задано до 1000. Это просто, что начальные 999 значений используются или пропускаются при создании первой записи, конечно, потому что вы запускаете команду RESEED для БД, т.е. вы изменяете SEED, который уже был установлен.
В заключение, похоже, что в ядре EF v2.1 Microsoft не предоставила возможность настройки начального значения идентификатора при создании таблицы. Будем надеяться, что в будущих версиях EF Core, вероятно, 2.2 или 3.0 будет эта функция.
Мысли ...