Как сказал Тим, вы должны развернуть DLL в том же каталоге, что и создаваемое вами приложение / плагин. Я полагаю, что переменная PATH - это не первое место, где ваша программа будет искать dll QT4, поэтому, если вы развернете ее в той же папке, ваше приложение выберет одну из них с вашим приложением и проигнорирует все, что находится в переменной PATH.
Q1: В прошлом казалось, что все бросали свои DLL в папку system32, потому что они знали, что это было в PATH, и знали, что программа сможет найти его. С точки зрения пользователя я нахожу, что очень трудно убрать, когда я хочу что-то удалить. А теперь, учитывая небольшую стоимость хранилища, я бы сказал, что сохраняйте свои библиотеки DLL в своем приложении, особенно если они такие, где может быть несколько версий. Хотя я не эксперт, именно так я работаю с jar-файлами для приложений Java.
Q2: Я бы так подумал. Это будет зависеть от структуры каталогов приложения и плагина. Вы можете указать своему плагину, какую версию использовать, и я готов поспорить, что приложение уже имеет свою версию в специальном месте.