Как указывает Pekka ImageMagick, может сделать это через Ghostscript , есть другие библиотеки, которые обертывают Ghostscript и дают вам немного больше контроля над процессом. Оболочка PHP Ghostscript от Andreas Heigl является примером.
В зависимости от того, какой PDF-файл вы пытаетесь преобразовать, вы можете обнаружить, что цвета становятся размытыми, это вызвано преобразованием между CMYK (или, возможно, CMYKA) и RGB. В зависимости от ваших потребностей вам может потребоваться преобразовать в TIFF (который поддерживает CMYK), а затем использовать другую библиотеку с лучшим алгоритмом преобразования цветового пространства.