Вы должны быть в состоянии сделать то, что вы пытаетесь сделать, отредактировав этот шаблон. Ваш код JS не в конечном итоге выводится? Если нет, убедитесь, что вы редактируете правильный logout.phtml, в зависимости от того, как настроены ваши темы, их может быть несколько. В настройках разработчика отображается полный путь к блокам при просмотре страницы, что может быть очень полезно для проверки правильности редактирования шаблона.
Кроме того, я не уверен, является ли ваш JS-код просто тестом, чтобы увидеть, выводится ли он, но он не выглядит так, как если бы он выводил окно, даже если он был правильно выведен. Код выглядит так, как будто он просто перенаправляет пользователя обратно на главную страницу вашего сайта.
Если вы ищете код JS для создания всплывающего окна, то должно работать что-то базовое, подобное этому:
window.open('http://yoursite.com/popunder.html','Pop Under Window','').blur();
window.focus();
Вы можете установить атрибуты окна по своему усмотрению, используя третий параметр функции открытия.