На самом деле, в самом Eclipse может быть открыто несколько консолей одновременно ... если вы хотите, вы можете создать несколько представлений консоли и прикрепить разные консоли к каждому представлению (если вы не закрепите консоли, одна консоль будетбудет отображаться поверх другого, и вам придется выполнять переключение с одного на другое вручную).
Как и сейчас, консоль отладки отличается от интерактивной консоли (она прощеверсия из-за проблем с интеграцией eclipse, хотя есть планы подключить интерактивную консоль к сеансу отладки).
Итак, что вы описали, это то, что должно действительно произойти (на самом деле это не ошибка).