Не могли бы вы использовать систему, которая автоматически направляет факсы на электронную почту, а затем заставляет ваш .NET-код обрабатывать электронную почту? Это отделит вашу обработку от факсимильной стороны. Помимо всего прочего, это значительно упростит и удешевит тестирование.
Возможно, это не самый эффективный способ обработки факсов, но он практичен.