Doxygen автоматически упаковывает функции в пространство имен для каждого модуля.Вы должны задокументировать этот модуль, чтобы сделать документацию видимой и связываемой (или использовать EXTRACT_ALL = YES).
Вот пример func.py
## @package func
# Module docs
## A function
#
# More documentation.
def foo():
print "Hello World!"
## Another function.
#
# This function simply calls foo()
def bar():
foo()
И еще одна функция another.py
:
## @package another
#
# Another module
import func
## This function calls func.foo()
def another():
foo()
Вы должны увидеть, что foo () и func.foo () будут автоматически связаны.