Вы не можете включать файлы конфигурации одного проекта в другой.
Что вы можете сделать, это создать новый файл конфигурации в проекте X (который имеет только конфигурацию для этого веб-сервиса) и затем включить этот файл конфигурации в основной файл web.config X.
например.
Допустим, вы создаете новый файл конфигурации с именем "Endponts.config"
похоже на
<endpoints>
......
</endpoints>
и затем вы можете использовать этот файл Endpoints.config в вашем основном файле web.config следующим образом
<system.web>
...
<endpoints configSource="Endponts.config" />
...
</system.web>