Как я понимаю, вы видите виджет вкладки под клавиатурой, верно?
Чтобы изменить это поведение, добавьте в манифест следующее:
<activity android:name=".CustomTabActivity" android:windowSoftInputMode="stateHidden|adjustPan"
в этом случае виджет вкладки не меняет своего местоположения, и клавиатура закрывает его.