Я использовал Сокращение с моими проектами jQuery / PHP с большим успехом. Он также включает в себя кеширование, поэтому накладных расходов не так много.
Я закончил тем, что изменил вещи и использовал .htaccess, чтобы направить все запросы в мою папку javascript в скрипт minify, например:
<script type="text/javascript" src="/js/jquery.js,js/jquery-levitip.js,js/jquery-facebox.js,js/datepicker.js,js/ga.js"></script>
с моими внешними HTML-маршрутами в мой скрипт minify, и он возвращает все эти скрипты как один, сжатый и свернутый. Таким образом, я могу определить включения нормально, и все происходит за кулисами.
Но, в любом случае, ознакомьтесь с руководством пользователя на их сайте, оно очень хорошо документировано, и вы сможете справиться со своими задачами. Да, и это работает для CSS тоже.