На серверах, контролируемых Eclipse, если вы публикуете приложение в Eclipse на своем сервере, Eclipse отслеживает изменения в коде Java и автоматически повторно развертывает приложение после изменения. Я никогда не делаю это по той причине, с которой вы столкнулись.
Если вы просто указываете свою конфигурацию сервера Glassfish на свое приложение, чтобы оно функционировало как каталог развертывания приложения (это можно сделать с помощью JBoss, не уверен насчет Glassfish), Eclipse больше не отслеживает изменения и не выполняет автоматическое повторное развертывание. Я могу вносить изменения в классы Java, пока сервер работает, и около 75% моих изменений получено.
Другой вариант - использовать инструмент, который позволяет вам вносить любые изменения Java без перекомпиляции, например JRebel , который работает в Eclipse.