JUnit - это не то, что нужно для больших приложений Java EE, это минимум.
Но поскольку у вас уже есть приложение, написание тестов jUnit вам не поможет, потому что jUnit не является инструментом тестирования. jUnit используется для безопасности TDD и рефакторинга, поэтому написание тестов jUnit в качестве запоздалой мысли просто не работает.
При этом вы должны изучить jUnit4 как можно скорее (это можно сделать за 60 секунд)
и чем узнать про TDD (это можно сделать за 2-3 часа)
и используйте jUnit для каждого будущего изменения кода, которое вы вносите в свое приложение.
Что касается кода, который у вас уже есть, вам нужны «анализаторы кода».
Это означает, что инструменты будут проверять ваш исходный код на наличие нарушенных стандартов кодирования, дублирования кода, выполнять покрытие кода, анализ зависимостей и мониторинг сложности.
(Все они и многое другое существуют в виде плагинов Eclipse)
Возможно, вам также понадобится некоторый фреймворк для тестирования Java-интерфейса (вместо QF-TEST).
Там есть много альтернатив с открытым исходным кодом, поиск в Интернете.