Повторный вопрос (для git), и нет простого способа решить это в GitExtensions.Это просто не дает вам этой функции.
Вам нужно будет перейти на bash (на Git Extensions есть кнопка) и набрать вещи .
В моем аналогичном случае что-то вроде этого очень помогло:
> git pull
(merge state)
> git checkout --ours .
> git add .
> git commit -m "merge using ours"