Вы можете сделать это таким же образом: написать скрипт-обертку, но вместо того, чтобы передавать все флаги, пройти через них и удалить флаг arch.Это может выглядеть следующим образом:
#!/bin/bash
gcc ${@/-arch=i386}
(здесь может потребоваться некоторая тонкая настройка: когда вам нужно удалить несколько опций, введите переменную справки и вносите изменения шаг за шагом).
РЕДАКТИРОВАТЬ: Удалено другое предложение.