Прежде чем написать сценарий, вы всегда должны спросить себя, действительно ли он вам нужен.
Что вы хотите сделать, это загрузить скрипт, который затем создает iframe, который затем загружает ваше приложение.
Более простым решением было бы просто использовать iframe.
Какие преимущества вы получите от своего сценария?
Что может сделать ваш скрипт, чего не может сделать обычный iframe?
Используйте тег iframe и, если вам нужны специфичные для сайта параметры, поместите их в строку запроса
<iframe
src="App.myurl.com/Application.php?width=200&height=300"
width="200"
height="300" >
<p>your browser does not support iframes</p>
</iframe>
Генерирование кода PHP с помощью javascript бессмысленно, поскольку PHP выполняется на сервере.
И поверьте мне вы не должны запускать на своем сервере код, сгенерированный клиентом .