В общем, программа заметна, если она использует процессор или диск.
Для ЦП вы можете уменьшить приоритет процесса: nice (10) в Linux, SetPriorityClass (..._ IDLE) в Windows.
Для жестких дисков в Linux есть «ionice», и я не уверен, существует ли что-нибудь в Windows. Возможно, вам придется ограничить скорость чтения и записи диска, если у вас их много.