Я бы порекомендовал команде SQL Server «Создать сценарии» (щелчок правой кнопкой мыши по базе данных, Задачи-> Создать сценарии). Это создаст скрипт операторов DDL для выбранных вами объектов. При желании вы можете включить в эти таблицы данные для сценариев.
Полученные сценарии могут быть запущены в Visual Studio для вашего .sdf.
Будьте осторожны с некоторыми типами данных, которые SQL Compact не поддерживает.