Я получил это работает.Пакетный файл, который генерировался при веб-развертывании, проверял версию v1.1 в реестре.Редактирование его для проверки того, что v2 работает на сервере, на котором установлен только v2.
После установки пакета обновления для Visual Studio теперь я вижу, что пакетный файл отличается и больше не выполняет проверку реестра, поэтому работает склиенты для веб-развертывания 1 и 2.