В методе onStartCommand намерение, которое вы использовали для запуска службы, передается в качестве аргумента.
onStartCommand(Intent intent, int flags, int startId)
Таким образом, вы можете добавить Дополнения к намерению, чтобы отличаться от того, откуда он вызывается.
intent.putExtra("From", "MainScreen");