Убедитесь, что вы отключили опцию построчно. Notepad ++ имеет очень ограниченный и плохо документированный движок регулярных выражений. Попробуйте загрузить пробную версию editpad pro.
(?<=\<pre.+?)http:\/\/.+?($|\s)(?=.+?\<\/pre\>)
Это должно получить только ссылки, которые находятся внутри тега pre
.
Вот снимок экрана с пробной версией Edit Pad Pro