Я бы порекомендовал вам посмотреть:
graphviz , для визуализации графиков и различных воплощений. Первый выбор, очень гибкий язык, который позволит вам делать то, что вы хотите, с небольшим программированием для автоматизации генерации графиков. (Включая такие вещи, как пунктирные линии из вашего первого примера.
igraph , библиотека для R, Python и т. Д. Для работы с
(и визуализация) графики.
cytoscape , анализ сети (в теории графов).
gephi , что аналогично cytoscape.
Также рассмотрите программное обеспечение для разметки, такое как Freemind, Xmind и т. Д.
Во всех случаях эти инструменты могут отображать иерархическую сеть, которая описывает ваши данные, хотя добавление даты / времени может быть затруднено. (Graphviz позволяет вам размещать узлы именно там, где вы хотите, так что вы можете добавить шкалу времени в другой программе. В любом случае вам нужно будет немного программировать, чтобы превратить фактические данные VCS во что-то, пригодное для захвата.)