Да, вы можете. Когда вы выбираете «Изменить историю»> «Перебазировать» в контекстном меню, вы должны увидеть следующее диалоговое окно:
Нижняя опция помечена как «Перебазировать неопубликованную на голову Subversion (источник переопределения, назначение»)
Отметьте этот флажок и нажмите кнопку Rebase, и все готово.