В настоящий момент, похоже, нет никакой возможности автоматически добавлять все новые файлы.
(а это не возможно и с Git)
Даже на этапе фиксации, Git предлагает только git commit -a -m "..."
для автоматической установки файлов, которые были изменены и удалены, , но новые файлы, о которых вы не сказали git, не затрагиваются .
Другими словами, это была бы новая функция в EGit, которая не имела бы прямой переписки в Git.