BufferedImage img = ....
public boolean isTransparent( int x, int y ) {
int pixel = img.getRGB(x,y);
if( (pixel>>24) == 0x00 ) {
return true;
}
}
Конечно, img должен быть в правильном формате TYPE_4BYTE_ABGR или в каком-либо формате, который поддерживает альфа-каналы, в противном случае всегда будет непрозрачным (то есть 0xff).