Если я вас правильно понимаю, вы хотели бы иметь возможность запускать приложение, изначально написанное на Java, даже на компьютере, на котором не установлена JRE, и иметь возможность показывать всплывающее окно, которое предлагает пользователю установить JRE.
Очевидно, что вы можете реализовать скрипт для каждой платформы, которая это делает.Например, это может быть VB-скрипт для Windows, TCL / TK-скрипт для Unix и т. Д.
Другая возможность - использовать генераторы пакетов, которые сделают всю работу за вас.Раньше я использовал InstalAnywere и Multiplatform Installer (из Install Shield), и я думаю, что они имеют такую функциональность.