просто, чтобы прояснить ситуацию: файл Jar не является exe!
К вашей проблеме:
Eclipse предоставит вам класс из выпадающего списка только в том случае, если вы хотя бы раз запускали этот основной класс непосредственно из eclipse.
Это означает: Запуск от имени / Java-приложение
После этого класс должен появиться в раскрывающемся списке.