Кажется, лучший способ - вообще избегать ассоциативных массивов. Если вы хотите отправить ассоциированный массив, просто отправьте его как два отдельных массива - один из ключей и один из значений. Вот код PHP для этого:
$arWrapper = array();
$arWrapper['k'] = array_keys($arChoices);
$arWrapper['v'] = array_values($arChoices);
$json = json_encode($arWrapper);
и простой код JavaScript, чтобы делать с ним что угодно
for (i=0; i < data['k'].length; i++) {
console.log('key:' + data['k'][i] + ' val:' + data['v'][i]);
}