Вы, кажется, задаете 2 вопроса в первом абзаце.
Первый касается добавления тестов в набор инструментов GNU autotools - но эти тесты, если я вас правильно понимаю, предназначены как для проверки того, что существует среда, необходимая для создания вашего приложения (зависимые библиотеки и инструменты), так и для адаптации сборка для среды (различия между платформами).
Второй - о модульном тестировании вашего приложения C ++ и о том, где вызывать эти тесты, вы предложили сделать это из цепочки инструментов autotools, предположительно из скрипта configure. Однако это не является обычным делом - добавление цели «test» в ваш Makefile является более обычным способом выполнения вашего набора тестов. Типичные шаги по сборке и установке приложения с помощью автоинструментов (по крайней мере, с точки зрения пользователя, а не с точки зрения разработчика, пользователя) - это запустить скрипт configure, затем запустить make, затем при необходимости запустить make test и, наконец, make install.
Что касается второй проблемы, не желая, чтобы cppunit был зависимостью, почему бы просто не распространить ее вместе с приложением c ++? Можете ли вы просто указать его в том формате архива, который вы используете (будь то tar.gz, tar.bz2 или .zip) вместе с вашим исходным кодом. Я использовал cppunit в прошлом и был доволен этим, когда использовал JUnit и другие фреймворки в стиле xUnit.