Используя команду Visual SourceSafe «Open SourceSafe Database ...», в нижней части диалогового окна есть опция «Открыть эту базу данных при следующем запуске Visual SourceSafe.»
Как правило, при установке этого флажка самая последняя открытая БД VSS открывается сразу после запуска VSS (даже если это второй экземпляр VSS).
Я вижу, что эта опция не соблюдается. Все запуски VSS приводят к открытию одной и той же БД при запуске.
Удаление всех записей реестра под HKLM\Software\Microsoft\SourceSafe\Databases и HKCU\Software\Microsoft\SourceSafe\Databases не помогает.
Кроме того, значение HKCU\Software\Microsoft\Sourcesafe\Current Database точно указывало на БД, которую я хотел открыть, но не на тот, который на самом деле открывал БД, которая была VSS. То же с аналогичным значением в HKLM.