Чтобы уточнить на ToyDaVirus , убедитесь, что вы указали type как iframe в параметрах.
т.е. 'type' : 'iframe'
$('#selector').click(function() {
$.fancybox({
'padding' : 10,
'autoScale' : false,
'transitionIn' : 'elastic',
'centerOnScroll' : true,
'overlayColor' : '#000',
'transitionOut' : 'none',
'title' : this.title,
'width' : 680,
'height' : 495,
'href' : this.href.replace(new RegExp("watch\\?v=", "i"), 'v/'),
'type' : 'iframe',
'swf' : {
'wmode' : 'transparent',
'allowfullscreen' : 'true'
}
});
return false;
});