Это так же безопасно, как запускать что-либо еще как root. Если вы знаете, что сценарий, который вы запускаете, безопасен, или если он абсолютно требует привилегий root (желательно, чтобы оба условия выполнялись), запустите его как root. В противном случае, запустите его как пользователь для конкретной задачи (пользователь базы данных, пользователь резервного копирования и т. Д.) С соответствующими разрешениями.