Вы можете отформатировать его, чтобы показать время, используя
dateTimePicker1.Format = DateTimePickerFormat.Custom;
dateTimePicker1.CustomFormat = "hh:mm:ss";
dateTimePicker1.ShowUpDown = true;
Получите таким образом значение в объект Timespan для обработки в вашем коде
TimeSpan ts1 = TimeSpan.Parse(dateTimePicker1.Text);
Я думаю, что MySql получилTime Datatype вы можете использовать это (Ааа, вот так здесь )