Не уверен, точный вопрос.
Высоту после динамического изменения тега div можно найти в mootools с помощью:
var height = $('divId').offsetHeight;
если div закрыт или скрыт, но вы хотите, чтобы это была открытая высота, рассмотрите возможность открыть div, измерить высоту, а затем снова закрыть div. Все это происходит без изменений документа (видимых) на экране. Если вам нужен поиск направления «Как рассчитать высоту каждого элемента и использовать эти значения в качестве переменной в функции?». Там есть ответ от mootools.