У меня тоже была такая же ошибка после смены директории моего проекта. У меня есть проект iOS 6 XCode 4, но это не должно иметь значения.
Для каждого подмодуля вам нужно изменить абсолютный путь, в котором он считает, что он находится. Путь указан в файле .git для этого подмодуля. .git в подмодуле - это файл , а не каталог в стандартном каталоге git.
Для каждого подмодуля измените строку .gitdir в файле .git. Вот пример из моего проекта:
Файл: /path/to/project/submodules/RestKit/.git
До
gitdir: /path/to/project//.git/modules/submodules/RestKit
* После 1018 *
gitdir: /path/to/project//.git/modules/submodules/RestKit