Я никогда не пытался использовать Skype.framework, но с сообщением об ошибке кажется, что вы создаете приложение для архитектуры x86_64 (то есть 64-битное приложение), и в сообщении говорится, что это несовместимо с Skype Фреймворк, построенный с другой архитектурой.
Вполне вероятно, что Skype.framework еще не совместим с 64-битными версиями. Вам следует попытаться создать 32-разрядное приложение, пока Skype не выпустит 64-разрядную версию своей инфраструктуры.