так же, как и любой другой ярлык
CreateShortcut "$smprograms\my app\my shortcut.lnk" "c:\path\to\folder"
это проводник в 99% случаев, и это действительно то, что вы хотите, но если вы хотите заставить проводник
CreateShortcut "$smprograms\my app\my shortcut.lnk" "$windir\explorer.exe" '/e,"c:\path\to\folder"'
но этот ярлык будет иметь неправильный значок и т. Д.