Является ли "минимально возможное" самым важным требованием? На этом пути у вас будет меньше зависимостей (и, следовательно, меньше развертываемых), но ваши затраты и время на разработку увеличатся.
Я собираюсь выйти из строя и сказать, что на большинстве ПК с Windows уже установлена платформа .NET (либо через Центр обновления Windows, либо предварительно установленную). Если вы разрабатываете для XP или Vista, это, безусловно, будет иметь место.
Но, что более важно, размер окончательного пакета так же важен, как и время до стоимости? Вам будет гораздо проще найти разработчиков, которые быстро пишут хороший код в .NET. Разработка WinAPI может быть утомительной, медленной и стоить значительно больше времени при отладке. Это не значит, что разработчики WinAPI не очень хороши в том, что они делают, но .NET - это прогресс в разработке программного обеспечения, который позволяет вам сосредоточиться больше на бизнес-задачах, а не на технической области.
Если вы являетесь руководителем проекта или руководителем проекта, возможно, вы захотите провести анализ затрат, чтобы определить, что действительно важно в вашем решении.