Если у вас есть доступ к источнику Flash, вы можете добавить слушателя на сцену, а затем сделать обратный вызов ExternalInterface к вашему javascript:
stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSEDOWN,MoseDownHandler);
function mouseDownHandler(evt:MouseEvent):void
{
if(ExternalInterface.available) ExternalInterface.call("someJavascriptFunction");
}