Да, использование графического API всегда будет отображать фактический спрайт, ниже всего. Вместо использования графики используйте Spark-примитивы, такие как Rect.
AS3:
var rect:Rect = new Rect();
rect.id = "backgroundRect";
rect.fill = new SolidColor();
rect.fill.color = 0xFFFFFF;
addElement(rect);
MXML:
<s:Rect id="backgroundRect" left="0" right="0" top="0" bottom="0" >
<s:fill>
<s:SolidColor color="#FFFFFF"/>
</s:fill>
</s:Rect>
РЕДАКТИРОВАТЬ: если вы не используете Spark, то я думаю, что решение будет использовать легкий графический компонент (извините за расплывчатость, мои знания MX действительно ограничены) и использовать вместо этого графический API на этом компоненте. Таким образом, порядок воспроизведения должен работать.